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摘要：目的對我國SARS和人感染H7N9禽流感暴發疫情中的多部門合作情況進行回顧性研究分析,為加強突發傳染病疫情應急管理提供依據。方法通過文獻調研和對主要利益相關者進行深度訪談,用定性分析軟件Nvivo10進行訪談數據整理,分析SARS和H7N9疫情防控中多部門合作情況。結果在2003年SARS疫情暴發早期,正式的合作溝通機制以及相鄰地區之間的協調、相關部門和機構之間的合作是缺位的,除了衛生部門系統內部中存在的合作與信息共享問題外,衛生、交通、旅游及其它部門之間的合作問題同樣也成了疫情防控工作有效展開的障礙。在2013年H7N9疫情暴發期間,不同的層面的多部門聯防聯控機制促進了政府機構之間的信息共享和協調響應,醫療衛生部門內部、部門之間以及國際社會之間的合作貫穿整個過程。結論SARS和H7N9疫情有效的應急管理很大程度上依賴于多部門及利益相關者之間的合作。有效的應對突發傳染病疫情需要多部門橫向和縱向的有效合作。