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蛋白質殘基接觸圖預測

作者:於東軍; 李陽 南京理工大學計算機科學與工程學院; 江蘇南京210094

摘要:蛋白質是由多個氨基酸組成的長鏈,是生物體的必要組成成分,參與了生命活動的每一個進程。蛋白質結構決定了許多蛋白質的功能,準確預測蛋白質中氨基酸殘基接觸對于蛋白質結構預測具有重要意義,蛋白質殘基接觸問題已經成為當前生物信息領域的熱點問題。該文首先給出了蛋白質殘基接觸圖預測的相關背景知識及其重要意義;其次,總結了當前國內外研究的主流方法,包括基于局部相關性的方法、直接麵合分析法與其后處理的方法、以及基于有監督機器學習的方法,并對其中的代表性方法進行了闡述;結合國際蛋白質結構預測競賽(Criticalassessment of protein structure prediction,CASP)的結果對現有模型的性能做了對比和分析;在此基礎上,探討了殘基接觸圖預測在蛋白質結構功能建模中的應用;最后,針對蛋白質接觸圖預測中存在的若干難點問題,給出了有望取得突破的若干研究方向。

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南京理工大學學報雜志

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