水稻穗長基因qPL9的精細定位及其候選基因分析
作者：連光倩; 翟雪; 尚菲; 王建飛 南京農業大學作物遺傳與種質創新國家重點實驗室; 江蘇南京210095
摘要：[目的]本研究旨在發掘水稻產量相關基因,為水稻產量性狀改良提供新的種質資源,為水稻穗發育遺傳研究提供分子證據。[方法]利用表型差異明顯的粳稻‘茭白稻’和秈稻‘Saber’構建F2群體,對其株高及穗部性狀進行QTL檢測。根據F2結果,構建F2∶3分離群體,對效應值較高的穗長QTLqPL9進行驗證、精細定位和候選基因預測,并對候選基因進行克隆、測序和序列比對分析。[結果]在F2群體中檢測到株高、穗長、每穗穎花數、二次枝梗數、粒長和粒寬共6個性狀的16個QTL。其中效應最高的qPL9解釋了32.8%的穗長變異,位于SSR標記RM1189和L171之間,LOD值為8.27。對qPL9所在位點進行驗證后進行精細定位,最終將其定位在InDel標記L174與L171之間,物理距離為90.47kb,含有9個開放閱讀框(ORF)。分析候選基因序列,發現LOC_Os09g28300、LOC_Os09g28310和LOC_Os09g28320的編碼序列在‘茭白稻’和‘Saber’間有差異,且導致氨基酸序列差異。[結論]qPL9是新位點,其候選基因可能為LOC_Os09g28300、LOC_Os09g28310和LOC_Os09g28320。
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