玉米CMS-C同質異核、同核異質系葉綠體基因組比較分析
摘要：【目的】基于玉米細胞質雄性不育材料粗制線粒體DNA高通量測序數據,對葉綠體基因組進行組裝。【方法】應用Illumina Hiseq 2500平臺進行線粒體DNA測序。利用軟件Velvet對過濾后的clean reads進行拼接和葉綠體基因組的組裝。采用在線注釋軟件DOGMA(dogma.ccbb.utexas.edu/)對葉綠體基因組完整序列進行基因預測和基因功能分析?！窘Y果】成功組裝出C48-2和C黃早四2個不育系及48-2和黃早四2個保持系的葉綠體基因組,大小分別為140 473 bp(C48-2)、140 478 bp(C黃早四)、140 458 bp(48-2)、140 448 bp(黃早四),均包含84種編碼基因,30種tRNA基因,4種r RNA基因。新組裝的4個葉綠體基因組,在基因組大小及所包含的基因種類及數量方面都與葉綠體參考基因組具有較高的相似性,說明粗制線粒體的高通量測序數據可以用來組裝葉綠體基因組。葉綠體基因組高度保守,但也存在SNP及InDel,基于不育系與保持系葉綠體DNA(cpDNA)的SNP位點設計特異引物,可用來鑒定區分CMS-C不育胞質與正常胞質。【結論】利用粗制線粒體DNA的高通量測序數據可以完成葉綠體基因組的組裝,玉米CMS-C不育系與保持系的葉綠體基因組具有高度的一致性,但也存在一些多態性位點,基于多態性位點成功開發出可區分CMS-C不育胞質與正常胞質的特異標記。
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四川農業大學學報雜志
四川農業大學學報雜志， 季刊，本刊重視學術導向，堅持科學性、學術性、先進性、創新性，刊載內容涉及的欄目：研究論文、研究快報、綜述、專題論述、問題討論、專家論壇、研究簡報等。于1983年經新聞總署批準的正規刊物。
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