摘要：目的觀察云南玉龍鼠疫菌株D106004和青藏高原鼠疫菌株Z176003在基因組上的差異及遺傳學特征。方法應用BLAST軟件,將鼠疫D106004和Z176003菌株編碼序列(CDS)進行差異比對。選取22個差異CDS,設計相應引物22對,在來源不同(青藏高原喜馬拉雅旱獺鼠疫自然疫源地和云南齊氏姬鼠、大絨鼠鼠疫自然疫源地)、時間跨度約50年、分布地區包括西藏、青海、四川、甘肅、云南的6種生態型119株鼠疫代表性菌株進行PCR擴增,并將PCR產物測序驗證。菌株均來自中國疾病預防控制中心傳染病預防控制所傳染病預防控制國家重點實驗室。結果119株鼠疫代表性菌株的22個差異CDS,PCR擴增產物實際測序結果累計序列長度為2.13 × 10^6 bp;差異CDS在云南玉龍D106004與青藏高原Z176003菌株所屬疫源地內119株鼠疫代表性菌株中同源性較高,78.2%(2 047/2 618)序列不存在差異,21.8%(571/2 618)序列上存在缺失、錯義、移碼3類基因突變差異。差異特征在疫源地6種生態型鼠疫菌株中穩定存在,呈現6種不同的地理分布。結論云南玉龍D106004和青藏高原Z176003菌株,二者同源性較高,親緣關系相近,基因組上存在的差異較小,但不同生態型菌株的遺傳性特征穩定存在.